پدرش عالم عارف، مرحوم آیت‌الله آهوند ملا محمد جواد صافی، علاوه بر تخصص، تحقیق، تألیف و تدریس در زمینه‌های مختلف علوم اسلامی از قبیل فقه، اصول، کلام، اخلاق، حدیث و… هنرهای ارزشمندی مانند شعر و خوشنویسی.
در نوجوانی ابتدا کتب عمده ادبیات عرب را در گلپایگان نزد مرحوم ملا ابوالقاسم آغاز کرد و مضامین ادب، کلام، تفسیر، احادیث، فقه و اصول را تا پایان سطح در آنجا ادامه داد.
در سال 1360 گلپایگان را ترک کرد و با مشکلات هجرت به کوم رفت تا در مجلس درس حاضر شود و اساتید بزرگ را به بحث بگذارد. حوزه علمیه کوم تحصیلات و تحقیقات خود را تکمیل کنید.
چند سال بعد به نجف اشرف رفت و در آنجا نیز به مدت یک سال از محضر مراجع عالیقدر آن منطقه بهره برد.
- زیبایی شناسی قرآن کریم، زیبایی شناسی هنر
از اساتید مهم ایشان در قم، مراجع تقلید، آیات عظام: سید محمد تقی خوانساری، حجت، صدر، بروجردی و در نجف، آیات عظام: شیخ محمدکاظم شیرازی، سید جمال الدین گلپایگانی و شیخ محمد گلپایگانی ممکن است کاظم محمد و شیخ کاسمی باشند.
با پیروزی انقلاب اسلامی ایران در سال های ۱۳۵۸ و ۱۳۵۹ به عضویت اولین مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد. حضرت امام خمینی (ره) به شرکت شورای نگهبان منصوب شده است.
برخی از آثار آیت الله صافی گپایگانی:
- راه اصلاح یا امر به معروف و نهی از منکر
- سفرنامه حج
- نماز در عرفات
- حدیث بیداری (مجموعه پیام ها)
- شهید هوشیار
- شعاع جلالت امام حسین (ع)
- با عاشور
- بزم حضور (دفتر شعر رضوی)
- آهنگ مشتاقان (دفتر شعر)
- آفتاب مشرکین (دفتر شعر عاشورایی)
- صحیفة المؤمن (دفتر شعر)
- شجره نامه مصطفی (کتاب شعر)
- دونین
- در آرزوی وصال (کتاب آیات امام زمانی)
- پاسخ کتاب «ایمان مهدویت در امامان شیعه»
- ید به سلامت و امان قول بده
- به ده سوال پاسخ دهید
- اصالت مهدویت
- تجلی توحید در نظام امام
- آنها همچنین یک سیستم رهبری دارند
- استان توسعه و ولایت تقنینی
- برای شناخت امام
- ایده نجات
- به دولت کریمه
- اعتقاد به مهدویت